发酵法生产赤藓糖醇始于20世纪90年代，国际上均采用微生物发酵法大批量生产赤藓糖醇。生产赤藓糖醇的碳源有烷烃、单糖和双糖等，葡萄糖、果糖、甘露糖和蔗糖都是生产赤藓糖醇的良好碳源，其中D-甘露糖的转化率高，达31.5%。但是由于成本因素，主要以小麦或玉米等淀粉质原料，经酶降解生成葡萄糖，由耐高渗透酵母或其它菌株发酵生产，能生产赤藓糖醇的有假丝酵母属、球拟酵母属、毛孢子菌属、三角酵母属、毕赤酵母属等。赤藓糖醇发酵法工业化生产流程如下：淀粉→液化→糖化→葡萄糖→生产菌株发酵→过滤→色层分离→净化→浓缩→结晶→分离→干燥，后得到赤藓糖醇，平均收率约50%。研究表明，赤藓糖醇发酵法受多种因素影响，如渗透压的改变明显影响多元醇的生成，无机盐Mn2+、Cu2+能提高赤藓糖醇的产率，氧气、温度都对其产量有影响，与化学合成法相比，发酵法更具有生产优势。
蔗糖、油脂是制作焙烤食品的主要原料，对于形成焙烤食品特有的组织结构、口感和风味具有相当重要的作用，是生产高品质焙烤制品所不可缺少的原料。特别是糖在焙烤食品的生产中，除了能增加甜味、上色、提高保藏性以外，对面团的流变学性质、工艺及产品品质带来很大的影响，糖的适量添加是保证正常的生产工艺及良好的产品品质十分重要的条件。但是随着现代消费者消费水平的提高，对健康意识的增强，这种“高糖高油脂高热量”的产品已不能符合消费者的需要。焙烤产业也向着营养、健康、功能性、低热量等方面发展，低能量、无糖焙烤食品就在这种趋势下应运而生。但是时下有些厂家生产的低能量或无糖焙烤食品只是部分地减少油脂和糖的使用量，但是仅是减少油脂和糖的使用量是不够的，容易造成产品感官品质恶劣，很难被患有糖尿病、肥胖症及其他人群愉快的接受。所以，应该采用膳食纤维、低聚糖、糖醇、类脂肪等替代物，在减少产品能量、满足部分消费者消费需求的同时，尽可能地模拟出油脂和蔗糖的功能，提高产品的可接受性。
要想获得较高质量的功能性或低热量的焙烤产品，赤藓糖醇是一种被证明非常好的原料。它不仅能从物理化学方面取代蔗糖而且还可以带来有利于健康的好处，而且使用赤藓糖醇的焙烤产品与其同样使用蔗糖为原料的产品相比具有更好的结构紧密性和柔软性，并且有着不同的口溶性和细微的颜色差别。在焙烤食品中使用的赤藓糖醇，好是粉状或者是粒度精细（<200μm）的结晶，细小的颗粒会给产品带来平滑、圆润的口感。
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